Hace ocho años, una comunidad se declaró al margen del conflicto interno que vive el país. En esa comunidad, San José de Apartadó, dos niños y seis adultos fueron masacrados. Según Hector Abad, uno de los niños fue asesinado de un golpe en la cabeza.

Después de la denuncia de la masacre, las autoridades judiciales enviaron una comisión que encontró una población enmudecida y aterrada; todos cerraron las puertas para suministrar cualquier información que ayudara a capturar a los responsables.
Esta misma comisión judicial fue emboscada y un policía resultó muerto en la acción. Antes del ataque, la comisión se detuvo a hablar con una monja, Clara Lagos, quien aseguró que solo les comunicó la negativa de compartir información con las autoridades.
Junto con la monja, el director del Cinep, padre jesuita Javier Giraldo y la ex alcaldesa de Apartadó, Gloria Cuartas, aparecieron en los medios acusando a unidades de la brigada XVII del Ejército de perpetrar la masacre, basados en los testimonios de algunos miembros de la comunidad. Además, ambos líderes guardan aún absoluto silencio sobre el ataque a la comisión judicial y no han oficializado sus denuncias ante la Fiscalía; solo han hablado frente a los micrófonos y por este medio afirman que el Ejército es asesino (palabras del padre Giraldo en Noticias Uno del 27 de febrero).
Mientras esto ocurría, comenzaron a escucharse las voces de los que quieren acabar con las comunidades de paz por inconvenientes. A los pocos días el ministro de Defensa hizo una declaración amenazante: o dejan entrar a las Fuerzas Armadas a las comunidades de paz, o éstas se acaban (El Tiempo marzo 7 de 2005).
A esta amenaza se sumó el Presidente quien ordenó la militarización de la zona de San José de Apartadó y el ingreso de policía a la comunidad de paz, situación que la comunidad rechaza, pues se ha declarado al margen del conflicto y no permitirá que ingresen personas armadas a su zona.